Håkon ble født sommeren 1204, noen måneder etter farens død, på Folkinsborg, Eidsberg i Borgesyssel. Baglerne var herrer i Viken dengang, så det gjaldt å være forsiktig og ikke la dem få rede på at det var født en sønnesønn av kong Sverre. Selve fødselen foregikk i all hemmelighet, kun en prest som Inga bodde hos, visste hvem gutten var. Men da et år var gått, fant Traand prest og Inga det rådelig å komme bort med ham, de fór til Oplandene og fikk der noen gamle birkebeinere til å fare over fjellet med ham til Nidaros, midt på den hardeste vinteren.
Tidlig på året 1206 kom birkebeinerne frem til Nidaros, til kong Inge Baardsson med Håkon, og både kongen og siden jarlen Haakon Galen tok vel imot gutten og anerkjente ham som kongesønn. Sagaen har en rekke fortellinger om hvor tidlig ute han var og hvor godt han kunne svare for seg, helt fra han var tre år gammel og for noen dager var kommet i baglernes vold i Bergen.
Etter kong Inges død var det uenighet blandt birkebeinerne om hvem som skulle bli hans etterfølger, den 13-årige Håkon, Inges sønn Guttorm eller hans bror Skule jarl. Det var tale om at Håkons mor Inga skulle bære jernbyrd for å bevise hans herkomst, det ble talt om å vente til erkebispen kom tilbake fra en reise. Det kom brev fra lendmenenene på Vestlandet, som tok bestemt parti for Håkon, og tilslutt ble han også tatt til konge på Øreting. Skervald fra Gauldal ga ham kongsnavn, vistnok den samme som 15 år tidligere hadde gitt hans far Håkon Sverreson kongsnavn. Men korsbrødrene nektet å la St. Olavs skrin bære ut til hyllingen, så den vanlige eden kunne ikke bli svoret.
Håkon ble også hyllet Bergen i 1217. Skule Bårdsson ble regent og jarl med en tredjedel av riket under seg. Skule var halvbror til Inge Bårdsson. Etter Filippus' død samme år ble Håkon også hyllet øst i landet. Etter endelig forlik mellom birkebeiner og bagler ble baglerflokken oppløst i 1218. På riksmøte i 1218 ble riksdelingsavtalen mellom Håkon og Skule fornyet. I 1217 ble slittungflokken reist i Marker, med Magnus, angivelig sønn til Magnus Erlingsson, som kongsemne. Restene av slittungflokken gikk opp i ribbungflokken som ble reist i 1219 i Viken med Sigurd, angivelig sønn av Erling Steinvegg, som kongsemne. Ribbungene ble endelig slått i 1227. På riksmøte i Bergen i 1223 ble Håkon anerkjent som rett arving til tronen fremfor andre.
I 1236 ble Skule hertug uten noen egen riksdel under seg. Skule gjorde imidlertid opprør i 1239 og lot seg hylde som konge på Øreting. Under de kampene som da oppstod, ble Håkon først slått ved Laaka på Raumarike, men senere ble Skule slått ved Oslo. Skule flyktet til Nidaros og ble felt der 23.05.1240. Håkon ble så kronet i Bergen i 1247.
I 1260 ble det fastslått at riket skulle arves uten deling i ekte mannslinje. Håkons styre var mildt og godt, landet hadde fremgang, lovene ble forbedret og nye ble vedtatt. I 1261 ble Grønland og i 1262 Island underlagt Norge. Håkon bygde Håkonshallen i Bergen.
Med en viss Kanga den Unge hadde han datteren Cecilia som døde i 1248. Cecilia var gift med Gregorius Andresson.